神諭局特工高云龍（阮松陽飾演）奉命入明。在尋找之前去過的朋友曹小梅（陳家環(huán)飾演）的同時，他還追查了該組織的時空破壞陰謀，并幫助陷入了東林書院和東昌之間的糾紛。東林書院的成員相繼被謀殺，但沒有尋找罪犯的線索。書院的長兄葉景卿（宋廷鈞飾演）最終向朝廷報告，請皇帝下令徹查誰在蠱惑人心，并直指東廠。在這一點上，一場巨大的悲痛以正義告終，而高云龍則留在了明朝繼續(xù)他的職業(yè)生涯。