四個(gè)異卵龜少年一直生活在秘密下水道里。在師傅（成龍配音）的訓(xùn)練下，它們變成了技藝高超的“忍者神龜”，渴望被人類(lèi)所接受。在人類(lèi)朋友Epp的幫助下，他們開(kāi)始追蹤一個(gè)神秘的犯罪集團(tuán)。然而，隨著一支強(qiáng)大的變種軍隊(duì)的到來(lái)，同樣屬于變種物種的忍者龜知道，大麻煩來(lái)了
